Rozdział I
Od zakonników do trybunałów
Na początku XIII wieku papiestwo stanęło wobec ludowych ruchów religijnych, które uznało za heretyckie, przede wszystkim katarów w południowej Francji. Po krucjacie przeciwko albigensom papież Grzegorz IX zaczął w latach 30. XIII wieku powoływać inkwizytorów, głównie dominikanów i franciszkanów, którzy objeżdżali dotknięte herezją regiony. Słowo pochodzi od łacińskiego inquisitio, czyli dochodzenie. Ci średniowieczni inkwizytorzy wzywali przed siebie całe społeczności, wysłuchiwali wyznań i donosów oraz prowadzili staranne rejestry. Nie stanowili jednego centralnego urzędu, lecz byli pojedynczymi sędziami działającymi z upoważnienia papieża.
Inkwizycja hiszpańska była czymś innym. W 1478 roku papież Sykstus IV pozwolił Ferdynandowi Aragońskiemu i Izabeli Kastylijskiej mianować własnych inkwizytorów, a powstała w ten sposób instytucja podlegała w dużej mierze koronie. Jej pierwszym celem byli conversos, czyli Żydzi, którzy przeszli na chrześcijaństwo, często pod presją po zamieszkach w 1391 roku, oraz ich potomkowie. Wielu starochrześcijan podejrzewało ich o potajemne praktykowanie judaizmu. Po 1492 roku, gdy Hiszpania wygnała Żydów odmawiających chrztu, liczba konwertytów wzrosła. Później trybunały zajęły się moriscos, konwertytami z islamu, protestantami oraz takimi przewinieniami jak bluźnierstwo i bigamia.
Wielu oskarżonych było ludźmi o przeciętnych dochodach: sklepikarzami, rzemieślnikami, lekarzami i ich żonami, o których sąsiedzi donosili, że zmieniają bieliznę w soboty, unikają wieprzowiny albo zapalają świece w piątkowe wieczory. Niektórzy z nich rzeczywiście potajemnie praktykowali judaizm, często z wielkim narażeniem; inni byli szczerymi chrześcijanami, którzy zachowali rodzinne zwyczaje bez religijnego znaczenia albo zostali oskarżeni przez rywali. Akta trybunałów zachowały ich zeznania i dzięki nim historycy mogą usłyszeć głosy kobiet i mężczyzn, którzy pod presją próbowali utrzymać odziedziczoną tożsamość.
Portugalia poszła w ślady Hiszpanii w 1536 roku, a jej inkwizycja ścigała konwertytów z judaizmu ze szczególną zawziętością, od 1560 roku także przez trybunał w Goa. W 1542 roku papież Paweł III utworzył inkwizycję rzymską, by przeciwdziałać ideom protestanckim we Włoszech. Kierowała nią kongregacja kardynałów i stała się znana jako Święte Oficjum.